Theo Điều 2, Quyết định số 1882/QĐ-BKHĐT ngày 22 tháng 12 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Vụ Kinh tế nông nghiệp có các nhiệm vụ, quyền hạn chính:

• Nghiên cứu, tổng hợp chiến lược, quy hoạch phát triển ngành nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp, thuỷ lợi, phòng chống lụt bão và giảm nhẹ thiên tai, kinh tế nông thôn, khai thác và chế biến sản phẩm nông, lâm, ngư, diêm nghiệp (trừ chế biến sữa, dầu thực vật, thuốc lá, bột và tinh bột, rượu, bia, nước giải khát) trên phạm vi cả nước.
• Chủ trì nghiên cứu, tổng hợp kế hoạch 5 năm, hằng năm, kế hoạch đầu tư công trung hạn và hằng năm về: phát triển ngành nông, lâm, ngư, diêm nghiệp, thuỷ lợi, phòng chống lụt bão và giảm nhẹ thiên tai, kinh tế nông thôn (xây dựng nông thôn mới; cung cấp nước sạch và bảo đảm vệ sinh môi trường nông thôn; phát triển ngành nghề, làng nghề nông thôn gắn với hộ gia đình và hợp tác xã; bố trí, sắp xếp lại dân cư nông thôn; định canh, định cư, ổn định di dân tự do và tái định cư), khai thác và chế biến sản phẩm nông, lâm, ngư, diêm nghiệp (trừ chế biến sữa, dầu thực vật, thuốc lá, bột và tinh bột, rượu bia nước giải khát); hỗ trợ phát triển doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp nông thôn;
• Kiểm tra, theo dõi, đánh giá việc thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch 5 năm và hằng năm, các chương trình, dự án đầu tư (kể cả dự án ODA), báo cáo đánh giá việc thực hiện kế hoạch hàng tháng, quý và hàng năm; Chủ trì phối hợp với các đơn vị liên quan trong Bộ đề xuất giải pháp tháo gỡ vướng mắc, khó khăn cho sản xuất kinh doanh, giải quyết các kiến nghị của các Bộ, ngành và địa phương liên quan đến các ngành, lĩnh vực được phân công.
• Chủ trì thẩm định nguồn vốn và khả năng cân đối vốn các dự án đầu tư công thuộc lĩnh vực Vụ phụ trách; chủ trì hoặc phối hợp tham gia thẩm định quy hoạch phát triển các ngành nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp, thủy lợi, phòng chống lụt bão và giảm nhẹ thiên tai, kinh tế nông thôn. Thực hiện việc theo dõi, giám sát, đánh giá đầu tư các dự án thuộc ngành, lĩnh vực Vụ phụ trách.
• Làm đầu mối tổng hợp kế hoạch 5 năm, hằng năm của: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Hội Nông dân Việt Nam, các Tập đoàn, Tổng Công ty nhà nước thuộc ngành, lĩnh vực Vụ phụ trách.
• Thực hiện các nhiệm vụ khác theo phân công của Bộ trưởng.